Το τμήμα υδατοσφαίρισης του Ναυτικού Ομίλου Σύρου ιδρύθηκε το 1933. Στην μακρόχρονη παρουσία του έχει να επιδείξει πολλές διακρίσεις παρά τις αντίξοες συνθήκες που κατά περιόδους αντιμετωπίζει. Κορυφαία στιγμή του τμήματος αποτέλεσε η άνοδος στην A2΄ εθνική κατηγορία τον Ιούλιο του 2008 αλλά και του 2011.
Σήμερα, η ανδρική ομάδα, ξεπερνώντας τις δυσκολίες του παρελθόντος, παραμένει και αγωνίζεται στην Α2 εθνική κατηγορία με στόχο την ανάδειξη των Συριανών αθλητών και γιατί όχι κάποια στιγμή όταν οι αγωνιστικές συνθήκες είναι ιδανικές να διεκδικήσει και την άνοδο στην Α1.